En un sistema cerrado como el acuario, el ciclo lleva 36 días y se divide en tres etapas.
En la primera etapa, la descomposición de las proteínas forma Amoníaco, que es tóxico. Las proteínas generalmente provienen de la materia fecal de los peces y de materia orgánica en descomposición, como plantas, bacterias y alimento sobrante.
Luego el Amoníaco se transforma en nitritos, que si bien son tóxicos para los peces, luego se convertirán en nitratos menos dañinos. Las plantas consumen esos nitratos como fertilizantes.
Crecen entonces las plantas y generan oxígeno disuelto en el agua, cerrando el ciclo del nitrógeno. Si no tuviera plantas, los nitratos igualmente ayudan al crecimiento de colonias de bacterias benéficas en los filtros.
Si hay excedentes de nitratos, se eliminan en los cambios de agua.
Cabe aclarar que en la instalación de acuarios plantados el ciclo de Nitrógeno no se cumple según lo anteriormente descripto. La presencia de plantas y rápida generación de colonias de bacterias modifican las condiciones del acuario, alterando ese proceso.
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